W latach 90. XX w. przeprowadzono wielką akcję odgruzowania i sprzątania ruin Starego Miasta Kostrzyn. Podczas prac odnajdowano wiele pamiątek przeszłości, jednakże brak specjalistycznego nadzoru oraz niewielka świadomość historyczna pracowników spowodowały, iż duża ilość przedmiotów została bezpowrotnie stracona: zniszczona, sprzedana, oddana za bezcen. Część pamiątek trafiła w ten sposób zagranicę, w tym do Niemiec.

Od kilkunastu lat przy Muzeum Twierdzy Kostrzyn funkcjonuje Rada Muzeum stanowiąca organ, którego zadaniem jest wspieranie dyrekcji w wyznaczaniu kierunków rozwoju, opiniowanie planów i ocena działalności. Kadencja poprzedniej Rady Muzeum upłynęła w listopadzie 2025 roku, a jeszcze w tym samym miesiącu powołany został nowy skład rady. Gremium to tworzą obecnie dr Przemysław Kołosowski, Ireneusz Materyński, prof. Grzegorz Podruczny, Marcin Wichrowski oraz Michał Kunt – przedstawiciel Miasta Kostrzyn nad Odrą.