Od kilkunastu lat przy Muzeum Twierdzy Kostrzyn funkcjonuje Rada Muzeum stanowiąca organ, którego zadaniem jest wspieranie dyrekcji w wyznaczaniu kierunków rozwoju, opiniowanie planów i ocena działalności. Kadencja poprzedniej Rady Muzeum upłynęła w listopadzie 2025 roku, a jeszcze w tym samym miesiącu powołany został nowy skład rady. Gremium to tworzą obecnie dr Przemysław Kołosowski, Ireneusz Materyński, prof. Grzegorz Podruczny, Marcin Wichrowski oraz Michał Kunt – przedstawiciel Miasta Kostrzyn nad Odrą.