Podstawowym celem działalności edukacyjnej Muzeum Twierdzy Kostrzyn jest przybliżanie wiedzy na temat historii Twierdzy i Miasta Kostrzyn na przestrzeni dziejów. Równolegle, zamierzamy kształtować tożsamość lokalną i poczucie przynależności do społeczności mieszkańców Miasta i regionu, trwającej na przestrzeni wieków.
Uczniowie otrzymają możliwość zapoznania się z poszczególnymi etapami historii swojego miasta. Wybrane fragmenty historii zostały przygotowane w formie tematycznych jednostek lekcyjnych. Nauczyciel przedmiotu może swobodnie dobierać sobie jednostki lekcyjne z proponowanej oferty Muzeum jako integralne części procesu kształcenia. Czas trwania lekcji został określony na około 45 minut, jednakże w imię konkretnych potrzeb może być modelowany.
Jednostki lekcyjne zostały oparte o pracę z różnymi typami źródeł związanymi z dziejami Kostrzyna. W większości są to znaleziska z terenu miasta i okolic będące niezastąpionymi świadectwami historii. W ramach programu, Muzeum stara się również upowszechnić swoje zasoby archiwaliów – map, planów, zdjęć, filmów i innych źródeł dotyczących historii miasta. Praca z nimi w formie warsztatów byłaby elementem każdej lekcji muzealnej.
